Fundatorzy sanktuarium w Różanymstoku zostali pochowani w tutejszej świątyni. Na początku ich szczątki spoczęły w krypcie pierwszego, drewnianego kościoła, pośród pochówków dominikanów oraz okolicznej szlachty. Po wzniesieniu nowej świątyni w 1785 r., prochy Szczęsnego i Eufrozyny Tyszkiewiczów zostały przeniesione do nowej krypty.
Krypta znajduje się w części południowej bazyliki (Kościół pw. Ofiarowania NMP) tuż pod jej prezbiterium. Składa się z trzech sklepionych kolebkowo, ceglanych komór: dwóch równoległych względem siebie i trzeciej odsuniętej od nich w stronę zachodnią. Komora pierwsza, najbardziej wysunięta na południe, położona jest na planie wydłużonego prostokąta z absydą. Komora druga usytuowana jest na północ względem pierwszej.
Prowadziły do niej schody dostępne z prezbiterium. Na początku XX w. schody te zostały zamurowane, a nowe, betonowe poprowadzono z trzeciej komory do zachodniej, zewnętrznej przybudówki kościoła przebijając ścianę od zewnątrz. Trzecia komora krypty ma kształt prostokąta zbliżonego do kwadratu i połączona jest z dwoma pozostałymi komorami wąskim korytarzem. Obecnie, w krypcie znajduje się ekspozycja historyczna i miejsce pamięci Tyszkiewiczów.
W 1980 r., podczas badań architektoniczno-archeologicznych prowadzonych na terenie bazyliki w związku z kompleksowymi przygotowaniami do koronacji cudownego obrazu MBR, w rejonie wschodniego skrzydła transeptu odkryto fundamenty i pozostałości krypty pierwszego kościoła, na miejscu którego powstała dzisiejsza świątynia.
Murowana, ceglana krypta sklepiona kolebkowo ma kształt zwężającego się prostokąta. Jej część środkowa zapadła się zasypując gruzem pochówki. Zniszczenie krypty nastąpiło podczas budowy nowej osiemnastowiecznej świątyni.
